Los reptiles son importantes porque desempeñan un papel vital en la red alimenticia: actúan como polinizadores y controlan las plagas. Los reptiles son depredadores de algunos animales y presas de otros, lo que los convierte en un componente crítico del ecosistema .
Los caimanes estadounidenses son una especie importante porque cavan "agujeros de cocodrilo" en las áreas que habitan, que contienen la única agua disponible durante la estación seca en los Everglades. Estas pequeñas manchas de agua sirven como refugio para otros animales acuáticos y una fuente de agua para plantas, aves y animales. Un reptil estrechamente relacionado, el cocodrilo, se considera una especie clave porque es muy influyente en su hábitat.
Además de ser crítico para las redes alimenticias de muchos ecosistemas diferentes, los reptiles también pueden cumplir muchos otros roles importantes. Por ejemplo, algunos reptiles actúan como polinizadores. El gecko de día de cola azul poliniza una rara especie de planta ubicada en Mauricio. Como el único polinizador, el gecko es esencial para la supervivencia de la planta. Los reptiles también sirven para mantener las especies de plagas y roedores bajo control, lo que beneficia a las comunidades agrícolas donde las plagas pueden destruir los cultivos.
Aunque los reptiles son una parte positiva del ecosistema, su supervivencia está amenazada por los humanos, la pérdida de hábitat y el cambio climático. A menudo, los reptiles se ponen en peligro por las especies invasoras que se introducen en un ambiente y se hacen cargo.