John Hagee escribió en una carta a su congregación en 1975 que era culpable de inmoralidad, después de lo cual se divorció de su esposa, Martha Downing. La inmoralidad exacta es desconocida. Se casó con Diana Castro, un miembro de su congregación, el 12 de abril de 1976. El nuevo matrimonio que siguió inmediatamente después de su divorcio llevó a las denuncias de que tuvo un romance durante su matrimonio.
Hagee se casó con Downing en 1960, y la pareja tuvo dos hijos juntos. Hagee era el pastor de la Iglesia de la Trinidad en San Antonio, pero las críticas de su divorcio lo hicieron renunciar.
Hagee tiene tres hijos con Castro, llamados Matthew, Christina y Sandy. Hagee y sus hijos con Castro también son músicos, quienes actuaron juntos como The Hagees.
El 11 de mayo de 1975, Hagee comenzó una nueva iglesia, llamada La Iglesia en Castle Hills. Aunque solo tenía 25 miembros para comenzar, creció rápidamente en tamaño, lo que llevó a dos expansiones. El primero fue un santuario con 1,600 asientos, y el segundo fue un santuario con 5,000 asientos. Hagee nombró el segundo santuario de la Iglesia Cornerstone. Su hijo, Matthew, más tarde asumió el cargo de pastor ejecutivo de la iglesia.
Hagee ha escrito libros y numerosas estaciones de televisión religiosas transmiten sus sermones. También ha fundado organizaciones religiosas.