Los peces tienen branquias porque estos órganos se usan para extraer oxígeno del agua circundante en la que vive un pez. Las branquias son diferentes de los pulmones porque las branquias generalmente funcionan de manera unidireccional: el agua se mueve en una dirección a través de las branquias para que los órganos extraigan oxígeno.
Las branquias son órganos especializados adaptados para recolectar el contenido de oxígeno disuelto del agua, que generalmente es mucho más bajo que el contenido de oxígeno del aire. A través del uso de muchas estructuras pequeñas ubicadas a ambos lados de la garganta del pez, las branquias de los peces absorben el oxígeno disuelto del agua circundante mediante la ventilación del ariete, el bombeo bucal o una combinación de estos métodos para pasar el agua sobre las branquias.
La ventilación con ariete se produce en peces que carecen de los músculos bucales o de la mejilla para bombear agua sobre las branquias que se harían cargo cuando los peces dejan de nadar. La ventilación con ariete requiere que los peces naden hacia adelante constantemente para evitar que se ahoguen.
El bombeo bucal se produce en peces que poseen músculos de las mejillas para bombear agua sobre las branquias. Esta adaptación es especialmente útil para los peces de fondo y emboscadas, que deben permanecer quietos para cazar y esconderse de otros depredadores. Mientras nadan, los peces que tienen suficientes músculos bucales pueden usar tanto la ventilación de ariete como el bombeo bucal para respirar.