Los conejos cavan hoyos para refugiarse y protegerse de los depredadores. Se esconden rápidamente en un agujero cada vez que aparecen los depredadores. También les gusta dormir en madrigueras, que encuentran seguras y cómodas.
Los agujerossirven como refugio para los conejos cuando sienten la presencia de depredadores, como zorros, gatos, lechuzas, comadrejas y seres humanos. Salen de sus agujeros cuando necesitan encontrar comida. Debido a que los hoyos hacen que los conejos se sientan seguros, las conejitas suelen dar a luz dentro de madrigueras y usan los agujeros como refugio para sus pequeños.
Los conejos a menudo construyen grupos de hogares, llamados warrens, que están situados cerca uno del otro. Los conejitos masculinos son los encargados de proteger al grupo. Los conejos consideran el área circundante de sus agujeros como su territorio, y les gusta vigilar su dominio. Sin embargo, su césped suele ser pequeño porque prefieren permanecer cerca de sus agujeros, por lo que pueden apresurarse a refugiarse inmediatamente cuando los depredadores se acercan a ellos. A los conejos no les gusta buscar comida fuera de su territorio.
Los conejos tienen diferentes hábitos de excavación dependiendo de su especie. Los conejos de cola de algodón prefieren usar agujeros vacíos creados por otros animales, mientras que a los conejos pigmeos les gusta cavar muchos agujeros. Los conejos domésticos a veces cavan debido a su instinto natural. Algunos dueños de mascotas preparan unidades de excavación para satisfacer la necesidad de cavar de sus conejitos.
