La contaminación afecta a los delfines contaminando las fuentes de alimentos y causando zonas muertas que carecen de peces y otros alimentos básicos importantes en la dieta de los delfines, como lo explica el Seattle Post-Intelligencer. La contaminación puede dañar el sistema inmunológico de un delfín, y las zonas muertas pueden obligar a los delfines a mudarse a nuevos hábitats.
Cuando un delfín come un organismo contaminado por ciertos contaminantes, almacena los químicos en sus reservas de grasa y otras partes de su cuerpo. El contaminante puede dañar los sistemas reproductivos de los delfines adultos e incluso hacer que los terneros nazcan con defectos de nacimiento. Estas toxinas también pueden dañar el sistema inmunológico del delfín y dejarlo abierto a infecciones, como la neumonía, que pueden causar la muerte. Los cuerpos de los delfines ya albergan parásitos, que son capaces de crecer fuera de control cuando el sistema inmunológico de un delfín está comprometido.
Las zonas muertas pueden ocurrir sin actividad humana, el Servicio Nacional de los Océanos afirma que la contaminación por nutrientes crea nuevas zonas muertas en áreas que antes eran saludables. La proliferación de algas puede ocurrir cuando el agua está expuesta a un exceso de escorrentía de nutrientes de las granjas. Cuando grandes cantidades de algas mueren y comienzan a descomponerse, el proceso agota el oxígeno en el agua, lo que resulta en una zona muerta que está vacía de vida marina. Los delfines que una vez prosperaron en estas áreas se ven obligados a encontrar nuevos hábitats con fuentes de alimentos estables.