Algunos protistas tienen paredes celulares, pero otros no. Los protistas con paredes celulares incluyen diatomeas fotosintéticas, algas rojas y algas verdes, junto con la Oomycota, similar a los hongos. La mayoría de los otros protistas, como las algas pardas y los protistas de animales, no lo hacen.
Los diferentes grupos de protistas tienen paredes celulares compuestas de diferentes materiales. Las algas verdes y Oomycota tienen paredes celulares hechas al menos parcialmente de celulosa, como las que rodean las células de las plantas. Las algas rojas también tienen celulosa en sus paredes celulares, pero las paredes también contienen carbonato de calcio. Las diatomeas, que son el componente principal de la tierra de diatomeas, tienen paredes celulares hechas de sílice.