Los perros Shiba Inu no son hipoalergénicos. Los perros hipoalergénicos están destinados a producir alérgenos a un ritmo inferior al normal. Sin embargo, las investigaciones indican que tales razas de perros pueden no existir.
No se sabe que ningún canino sea completamente hipoalergénico. Sin embargo, algunos perros son promovidos por tener menos alergenos o por ser más compatibles con las personas que tienen alergias porque tienen un pelaje que no atrae sustancias que provocan alergias. Si bien los niveles de alérgenos varían de un perro a otro, esta variación no se basa en la raza del perro.
Los perros Shiba Inu tienen una doble capa con una parte superior recta y rígida y una parte inferior suave y gruesa. El pelo en sus caras, orejas y piernas es corto y suave.
