La principal diferencia entre priones y virus es que, si bien ambos causan enfermedades, los priones no tienen material genético propio. Según Merck, los priones también difieren de los virus en que las condiciones causadas por priones siempre fatal. La mayoría de las enfermedades virales pueden ser sobrevividas. Los priones tienden a golpear el sistema nervioso con más frecuencia que en cualquier otra parte del cuerpo.
Los virus se reproducen al inyectar material genético en células vivas, que luego se toman y se usan para fabricar más virus. Los priones, a diferencia de cualquier patógeno vivo, no tienen genes. Según lo descrito por Merck, ciertos priones, como los responsables de la enfermedad de Creutzfeldt-Jakob y el insomnio fatal, son creados por el plegamiento anormal de proteínas que de otro modo serían normales en cada célula del cuerpo. Estas proteínas anormales son químicamente idénticas a su forma no patógena, pero su estructura anormal altera su función en la célula. Esto a menudo hace que se formen burbujas en las células del cerebro y conduce a la muerte gradual del tejido nervioso en el sistema nervioso central. Este proceso es siempre fatal y no puede ser curado. A diferencia de los virus, los priones no tienen que contraerse de una fuente infectada, aunque a veces lo son, y en ocasiones pueden formarse espontáneamente en el cuerpo humano por razones que no se conocen bien.