Los desechos agrícolas pueden producir varios efectos dañinos, incluidos los riesgos para la salud y la contaminación de los cuerpos de agua circundantes y la atmósfera. Los desechos agrícolas, si no se eliminan adecuadamente, pueden causar efectos a corto y largo plazo en ecosistemas, tierras y entornos más amplios mediante la introducción de toxinas extrañas en el suelo y el agua.
La contaminación agrícola proviene de varias fuentes. Los pesticidas y los fertilizantes constituyen la mayor parte de los desechos agrícolas e incluyen sustancias químicas sintéticas y materiales hechos por el hombre. Los compuestos sintéticos a menudo no se biodegradan al exponerse al aire o al agua y pueden durar décadas o incluso un siglo. Estos productos químicos se rocían en los campos de cultivo para mantener alejados a los insectos y entrar en corrientes y cursos de agua como escorrentía. El agua contaminada es otro efecto primario de los residuos agrícolas; El agua se contamina a través de los residuos de fertilizantes y pesticidas, junto con patógenos como virus y bacterias, que pueden ingresar a los sistemas de agua potable. Según Conserve Energy Future, la contaminación agrícola es una fuente principal de contaminación en el agua y en los lagos, ya que los químicos y las toxinas se abren camino hacia las aguas subterráneas al asentarse en el fondo de estos grandes cuerpos de agua. La acumulación de estas sustancias en última instancia conduce a problemas de salud como el síndrome del bebé azul y enfermedades neurológicas. Los desechos agrícolas también pueden afectar negativamente a los animales y plantas acuáticos porque los fertilizantes, el estiércol, el amoníaco y los desechos se introducen en los entornos locales e interrumpen los procesos de los ecosistemas.