Los dos reinos de bacterias son Archaebacteria y Eubacteria. Los dos reinos se clasificaron en un solo reino, Monera, pero los dos tipos de bacterias han mostrado una variación suficiente para justificar la reclasificación en dos reinos separados.
Aunque tanto Archaebacteria como Eubacteria son procariotas, lo que significa que no tienen estructuras unidas a membrana llamadas orgánulos, los dos reinos tienen tantas diferencias entre ellos que cada uno pertenece a un dominio separado. Los otros cuatro reinos, protistas, hongos, plantas y animales, pertenecen a un solo dominio.
Las Archaebacterias comprenden organismos que viven en entornos hostiles, como las aguas termales, el agua salada y los respiraderos de aguas profundas. Las Eubacterias incluyen las bacterias que son más familiares para los humanos. Las cianobacterias, o algas verde-azules, pertenecen a las Eubacterias. Otras Eubacterias causan enfermedades humanas como la faringitis estreptocócica y el botulismo.
