Algunas de las desventajas de los viajes espaciales incluyen que la NASA gaste dinero en proyectos cuando no sabe cuánta inversión comercial puede realizar, existen riesgos para la seguridad humana con cada misión y ciertas órbitas son muy lentas. Además, los cambios en la financiación de los viajes espaciales pueden dificultar que los estudiantes se conviertan en astronautas.
Aunque la NASA ahora se asocia con firmas privadas para la financiación de viajes espaciales, no hay garantía de que las empresas privadas puedan invertir. Si bien muchos muestran interés, esto puede significar que la NASA comienza a trabajar en proyectos que luego se quedan sin financiamiento comercial. Si solo una pequeña cantidad de empresas privadas muestran una inversión, establecer contratos se vuelve ineficiente. Además, los viajes espaciales no son seguros, con tragedias históricas que incluyen la pérdida de Challenger en 1986 y de Columbia en 2003. Otras pérdidas podrían ser perjudiciales en términos de la vida humana y la reputación de los viajes espaciales, lo que lleva a regulaciones restrictivas.
Logísticamente, algunos aspectos de los viajes espaciales son desafiantes. Como los barcos solo pueden transportar cantidades limitadas de combustible, dependen de las órbitas planetarias y los impulsos gravitacionales para completar las misiones. Estas transferencias también limitan el número de lanzamientos que un barco puede hacer. Por ejemplo, la transferencia Tierra-Marte solo está disponible una vez cada 2 años, y la transferencia Tierra-Júpiter está disponible una vez cada 13 meses. Ambos son lentos.
Con el financiamiento del programa espacial del gobierno federal a fuentes privadas, hay menos oportunidades para que los estudiantes se conviertan en astronautas. Por lo general, ingresan al programa después de una carrera en la fuerza aérea, pero una menor cantidad de fondos federales significa menos posibilidades de que esto suceda.