Los aspectos negativos de la clonación incluyen complicaciones del desarrollo, genes anormales y bajos índices de éxito. También existe la posibilidad de que un clon humano no pueda integrarse completamente en los roles familiares y de la sociedad.
La clonación no es exitosa en gran medida porque el proceso de transferencia nuclear de células somáticas es problemático. La tasa de éxito general para una transferencia de núcleo es de 0,01 a 3 por ciento. También hay una alta tasa de fracaso para los embarazos que se derivan de la clonación. Otro factor de riesgo es que el huevo y el núcleo no se forman cohesivamente para completar el proceso de clonación.
Los animales que se clonan tienden a ser más grandes que sus homólogos no clonados. Esto se conoce como síndrome de descendencia grande, y los animales que lo padecen son propensos a tener órganos grandes, que causan complicaciones respiratorias y del flujo sanguíneo. Los animales clonados también sufren problemas inmunitarios, cerebrales y renales.
También existe la probabilidad de que los clones envejezcan más rápido debido a un núcleo transferido ya usado. A los científicos les preocupa que los cromosomas puedan tener propiedades comprometidas que conduzcan a un mejor envejecimiento. Los expertos advierten sobre las complicaciones de desarrollo que también pueden surgir de este problema.
Muchos plantean preguntas sobre las deformidades que pueden ocurrir también en la clonación humana, y la clonación humana plantea ciertas cuestiones éticas. Por ejemplo, los opositores sostienen que los clones humanos efectivamente no tendrían autodeterminación porque se esperaría que actuaran como su original genético.
