La cría selectiva presenta varios riesgos para los perros, como aumentar el riesgo de desarrollar problemas cardíacos, enfermedad renal, postración por calentamiento, incapacidad para enfriar el cuerpo, problemas de audición y visión y trastornos sanguíneos. La crianza selectiva también puede crear problemas emocionales o neurológicos. Algunas razas, como Bull Terriers, tienen una tendencia a perseguir sus colas sin cesar, mientras que los Terriers escoceses pueden perder el control muscular cuando están excitados.
La cría selectiva representa un riesgo para los perros pequeños y grandes. Los perros más pequeños son propensos a la hipertensión arterial y anomalías esqueléticas como las rótulas desalineadas, lo que causa la dislocación de la rótula. Los perros de razas más grandes pueden desarrollar tumores malignos en sus huesos, ya que su peso anormalmente alto ejerce una presión excesiva sobre sus sistemas esqueléticos y son propensos a problemas ortopédicos.
También surgen problemas entre los perros con ciertas características acentuadas, como las caras planas o la piel arrugada. Los perros con caras planas, como los pug y los pequinés, pueden tener pasajes nasales cortos y estrechos, que interfieren con la respiración adecuada. Los sabuesos pueden desarrollar problemas oculares debido a la piel arrugada alrededor de los ojos, mientras que los chinos Shar-Pei y otras razas desarrollan irritación de la piel e infecciones por arrugas. Los bulldogs hembras con caderas anormalmente estrechas suelen dar crías a través de cesáreas.
Algunas razas, como los perros de agua portugueses, los caniches estándar y los Basset Hounds, tienen un sistema inmunológico deficiente. Ciertos cánceres emergen en perros con cría selectiva, al igual que problemas de órganos y otras enfermedades.
