Los jaguares negros y los jaguares manchados son la misma especie. La capa oscura de jaguares negros se produce debido al melanismo, una deposición de pigmento negro superior a la media. Algunos jaguares melanísticos tienen manchas visibles, mientras que otros son negros sólidos.
Muchas personas aplican el término general "pantera negra" a cualquier felino negro grande. Las panteras negras no son una especie separada, sino una especie existente que exhibe la mutación genética "melanismo". El melanismo es simplemente la sobreabundancia de pigmento oscuro y aparece en algunos tigres y leopardos, así como en jaguares. En la mayoría de los gatos, el melanismo es un rasgo recesivo, lo que significa que el gato debe poseer dos copias del alelo mutante para mostrar una coloración negra. En jaguares, sin embargo, el melanismo es incompleto dominante. Un jaguar con una sola copia del alelo mutante muestra una coloración más oscura que la media, pero no es tan oscuro como en individuos con dos copias. A pesar de ser un rasgo dominante, el melanismo ocurre en solo el 6 por ciento de la población de jaguar. Se especula que el melanismo es más común a nivel local en regiones con bosques más densos donde el pelaje oscuro proporciona un mejor camuflaje.
Algunos jaguares negros son en realidad pseudo-melanisticos; "abundancia" es otro nombre para esta mutación. En lugar de un aumento en el pigmento negro en general, la abundancia hace que las marcas sean excesivamente abundantes. En algunos casos, las manchas son tan abundantes que corren juntas, lo que hace que el gato pseudo-melanístico aparezca totalmente negro.
