La única secreción del esófago es la mucosidad, para la lubricación. El esófago no secreta ningún producto químico digestivo porque su función es entregar bolos de alimentos desde la faringe hasta el estómago.
El moco es producido por las glándulas mucosas ubicadas en la mucosa, el revestimiento del esófago. Este revestimiento está compuesto de epitelio escamoso estratificado, que es resistente al trauma de los alimentos abrasivos. Durante la ingestión, los bolos de los alimentos distienden el esófago, lo que hace que la mucosidad se exprese desde las glándulas mucosas. Las contracciones peristálticas luego impulsan la comida hacia el estómago. En los seres humanos, se tarda de cuatro a cinco segundos para que un bolo de comida atraviese el esófago.