Una molécula es un grupo de dos o más átomos unidos entre sí, mientras que un compuesto es un grupo de dos o más átomos unidos entre sí, donde los átomos provienen de al menos dos tipos de elementos. Todos los compuestos También son moléculas, pero todas las moléculas no son compuestos.
Por ejemplo, la fórmula H2O es tanto una molécula como un compuesto, pero el H2 es solo una molécula, ya que solo contiene átomos de hidrógeno. En química inorgánica, el término molécula está típicamente restringido a compuestos con una carga neutra, mientras que el término ión se refiere a átomos unidos con una carga positiva o negativa.
