Una molécula consta de al menos dos átomos del mismo elemento, mientras que un compuesto incluye al menos dos elementos. Un ejemplo de una molécula sería el hidrógeno molecular, que tiene dos átomos de hidrógeno y es representado como H2. Un ejemplo de un compuesto sería el agua (H2O), que tiene dos átomos de hidrógeno y un átomo de oxígeno.
Los compuestos incluyen moléculas dentro de ellos. Por ejemplo, el hidrógeno en el agua es una molécula porque hay al menos dos átomos del elemento; Sin embargo, el oxígeno no sería una molécula por sí solo, ya que solo hay un átomo de él. Algunos otros ejemplos de moléculas incluyen nitrógeno molecular (N2) y oxígeno molecular (O2), y algunos otros compuestos incluyen metano (CH4) y dióxido de carbono (CO2).