La principal desventaja de la transmisión de microondas es que las torres de microondas pueden intercambiar datos solo si tienen una línea de visión clara entre ellos sin obstáculos, como edificios, colinas o árboles en el camino. Otras desventajas Incluye la absorción de señales por la atmósfera, la interferencia climática y el gasto.
Las señales de microondas generalmente viajan en línea recta desde un transmisor a un receptor. Si las señales pasan a través de regiones del aire con diferentes densidades, como lo harían al cruzar un cuerpo de agua, las señales se doblan ligeramente. En lugar de llegar al receptor, algunas señales se absorben en la atmósfera y las señales perdidas afectan la calidad de transmisión. Las señales de microondas también pueden verse afectadas por fuertes lluvias, granizo y nieve. Las gotas de lluvia y el granizo, en particular, son aproximadamente del mismo tamaño que las longitudes de onda de un microondas de alta frecuencia. Una tormenta puede bloquear la comunicación de microondas, creando un problema llamado desvanecimiento por lluvia. Otra desventaja de la transmisión de microondas es el costo de las torres, que son caras de construir.
Una de las ventajas de la transmisión de microondas es que, en lugar de utilizar cables u otros cables físicos, utiliza ondas electromagnéticas con pequeñas longitudes de onda. El tamaño de las longitudes de onda permite que un transmisor dirija las microondas a un receptor en un haz estrecho, lo que mejora la eficiencia. Además, la alta frecuencia de microondas significa que un haz de microondas tiene una gran capacidad de transporte de información.