Las serpientes respiran moviendo los músculos que rodean la caja torácica. Carecen del diafragma que impulsa el proceso respiratorio de los mamíferos. Una contracción muscular expulsa el aire de los pulmones. Cuando los músculos se relajan, los pulmones se llenan de aire.
El trabajo de intercambio de dióxido de carbono por oxígeno en el proceso respiratorio de la serpiente depende del pulmón derecho. Es más largo que la izquierda y está ubicado más cerca de la boca. En algunas especies de serpientes, el pulmón izquierdo está solo ligeramente desarrollado y no cumple ninguna función esencial. Sin embargo, el pulmón izquierdo de las serpientes de agua ayuda a regular la presión dentro de sus cuerpos mientras nadan. Entre respiraciones, una serpiente puede hacer una pausa de hasta unos pocos minutos.