Japón contiene vegetación como manglares, bosques subtropicales, pastos forestales, bosques del norte, árboles en flor, plantas alpinas y plantas forestales. Los bosques subtropicales se encuentran en el sur, y los bosques que contienen abeto, pino y abeto se encuentran en el norte.
Japón tiene 7.000 plantas indígenas en forma de helechos y plantas basadas en semillas. Los bosques extremos del norte de Japón se pueden encontrar en Hokkaido. Las plantas alpinas crecen en las partes más altas de Shikoku y Honshu.
Una forma notable de vegetación japonesa es el cerezo, y las flores son un símbolo nacional de Japón. Japón tiene una gran variedad de flores de cerezo, pero la variedad Somei Yoshino es la más popular, y consiste en pétalos blancos con un toque de rosa. La yaezakura florece grandes flores con vibrantes pétalos rosados, y la cereza llorona también tiene flores rosadas.
Viburnum furcatum es una planta de bosque que crece bien en suelos húmedos y sin cal, y se pueden adaptar a condiciones climáticas más frías. Estos arbustos crecen en áreas húmedas, y las flores aparecen en mayo. Los insectos deben polinizar cada flor para que las semillas emerjan en octubre.
Hakonechloa macra es un tipo de hierba de bosque que se encuentra típicamente en las montañas. Esta planta disfruta de áreas con sombra y prefiere crecer en terrenos rocosos y húmedos. Las hojas tienen un efecto drapeado, y la hierba contiene pequeños brotes, similares al bambú.