Los historiadores no están seguros de quiénes fueron los padres de Juan Ponce de León, pero sí creen que estaba relacionado con Rodrigo Ponce de León, el marqués de Cádiz. Incluso su año de nacimiento exacto se disputa cuando originalmente se pensó que había nacido en 1460, mientras que otras pruebas sugieren que nació en 1474.
Se cree que Ponce de León también está relacionado con la familia Núñez de Guzmán. Durante sus primeros años, trabajó como escudero para Pedro Núñez de Guzmán, que era el Caballero Comandante de la Orden de Calatrava. Según el historiador español Gonzalo Fernández de Oviedo y Valdés, Ponce de León se convirtió en un experimentado soldado durante sus primeros años cuando ayudó a derrotar a los moros en Granada.
