Los obstáculos que intervienen son factores que causan desafíos a los animales migratorios o les impiden alcanzar su objetivo. Algunos ejemplos de obstáculos son montañas, bosques, desiertos, ciudades y cuerpos de agua. Algunas de estas barreras bloquean la migración de algunas especies, mientras que no reducen la velocidad de otras especies en absoluto. Por ejemplo, un gran desierto puede evitar que los anfibios o insectos completen su migración, mientras que las aves vuelan sobre él.
Las aves son algunos de los migrantes más conocidos, y son especialmente hábiles en la práctica. Debido a que la mayoría de las aves vuelan tan bien, simplemente pueden pasar por encima de la mayoría de los obstáculos. Sin embargo, no todas las aves pueden cruzar grandes océanos, y muchas están limitadas a lugares accesibles por tierra. Las montañas también pueden proporcionar barreras significativas a las aves que no pueden sobrevolarlas. Los desiertos, las ciudades y los ríos son barreras importantes para las migraciones de mamíferos, y con frecuencia los mamíferos deben viajar mucho más lejos para sortear tales obstáculos.
Los humanos también pueden encontrar obstáculos durante los viajes migratorios. Los desiertos y las montañas son particularmente difíciles de atravesar para los humanos, mientras que los bosques y las ciudades son fáciles de cruzar para los humanos. Con el tiempo, los humanos a menudo construyeron asentamientos cerca de características tan desafiantes, como una última parada en la que los viajeros podrían reabastecerse y descansar antes de soportar viajes difíciles.