La causa exacta de la anovulación no se comprende completamente, de acuerdo con la Escuela de Medicina de la Universidad de Virginia. En ausencia de progesterona, las arteriolas espirales no se desarrollan adecuadamente. Una vez que los niveles de estrógeno disminuyen, hay una pérdida de líquido estromal y se produce un posible sangrado. Sin embargo, en algunos casos cuando no hay una disminución en los niveles de estrógeno, el sangrado aún puede ocurrir debido a que el flujo de sangre necesario hacia el endometrio proliferativo no es constante.
En una prueba histológica, los médicos pueden determinar que hay estimulación de estrógeno pero no producción de progesterona. Cuando las glándulas endometriales son proliferativas, un informe histológico muestra cambios en la forma y estructura, que son sutiles. Uno de estos cambios leves es la dilatación quística. Cuando se rompe el estroma, las glándulas aisladas no se segregan, señala la Facultad de Medicina de la Universidad de Virginia.