El pingüino emperador está cerca de la parte superior de la cadena alimenticia, alimentándose de peces, krill y calamares. Solo los grandes mamíferos marinos se alimentan del pingüino emperador, incluidos los tiburones.
El pingüino emperador es ágil y fuerte en el agua, ambas cualidades que lo convierten en un buen depredador. Es un gran buceador que puede bucear más profundo que otras aves; los registros de inmersiones de pingüinos emperador alcanzan hasta 1,750 pies. El pingüino emperador normalmente pasa unos cinco minutos o menos a la vez bajo el agua y solo se zambulle a varios cientos de pies bajo la superficie. Este pingüino puede nadar rápido cuando bucea por su presa.