Las medusas se pueden encontrar en los océanos de todo el mundo, y algunas incluso viven en lagos de agua salada. En general, las medusas prefieren las temperaturas cálidas de las aguas tropicales, aunque hay algunas especies que viven en el frío. o incluso aguas frías en el Ártico y en la Antártida.
Las medusas pueden vivir en muchas zonas diferentes en el océano, y van desde el océano abierto hasta el agua cerca de la costa. Pueden sobrevivir a diferentes profundidades, según la especie, algunos viven en las profundidades más oscuras del océano y otros viven más cerca de la superficie.
No habitan medusas verdaderas en agua dulce. Cualquier especie que se conoce como una medusa de agua dulce es en realidad hidrozoos.
La mayoría de las medusas existen muy por encima del fondo del océano, flotando con el plancton, aunque hay especies que pasan su vida en el fondo del océano. Algunos no pueden nadar y usar sus tentáculos para "caminar" a través del fondo del océano. Otros migran de un lado a otro a la superficie durante el día, y luego regresan a las profundidades por la noche. Si se retira una medusa del agua, ésta se colapsa y perece, ya que el agua proporciona a su cuerpo el soporte estructural necesario.
Algunas especies de medusas se mantienen en acuarios. Aunque la iluminación de colores y los fondos contrastados hacen que las medusas parezcan brillar, muchas de ellas son en realidad tan transparentes que serían difíciles de ver en la naturaleza. Debido a que las medusas dependen de las corrientes de agua para moverlas, las exhibiciones profesionales de medusas deben usar bombas precisas para mantener el agua en movimiento, evitando que las medusas queden atrapadas en las esquinas.