Un efecto de cuello de botella es un fenómeno ecológico en el que la población de una especie se reduce drásticamente hasta el punto en que la especie todavía puede continuar, pero la diversidad genética de la especie está muy limitada. Este tipo de evento solo ocurre cuando los miembros de la población mueren al azar, y su muerte no tiene nada que ver con fallas genéticas o incapacidad para adaptarse.
Hay un conjunto muy específico de eventos que pueden causar un efecto de cuello de botella, porque los cuellos de botella solo pueden ser causados por factores que matan a miembros de la población de manera indiscriminada. Si una plaga arrasa a través de una población y mata a individuos que tienen una cierta composición genética más que a otros, no puede considerarse una situación de cuello de botella porque es simplemente una selección natural. Los cuellos de botella usualmente ocurren después de terremotos, tsunamis o sobre-caza, porque estos eventos matan indistintamente.
Los cuellos de botella son perjudiciales para las poblaciones porque dejan solo a unos pocos miembros de la especie para que se reproduzcan. Esto significa que gran parte del acervo genético se pierde y la especie debe reconstruirse a partir de la composición genética de solo unos pocos individuos. Esta falta de diversidad genética ocasionalmente hace que las poblaciones sean más susceptibles a condiciones o enfermedades genéticas.
Un ejemplo clásico de un cuello de botella es la población de foca de elefante, que fue cazada casi hasta su extinción, explica un sitio web de la Universidad de California. La especie logró reconstruir su población a partir de solo 20 miembros, pero los científicos han comparado a la población cazada con otra población que no fue cazada en la misma medida, y encontraron que la población cazada tenía menos diversidad genética.