Al igual que otras razas de perros de juguete, los perros malteses son propensos a la hipoglucemia o presión arterial baja, por lo que deben alimentarse con pequeñas cantidades de un alimento para perros de alta calidad con bajo contenido de aditivos y rellenos durante todo el día. Idealmente, entre el 40 y el 50 por ciento de las calorías diarias de una maltesa deberían provenir de la carne.
Los perros malteses nunca deben ser restos de comida o huesos. Los restos de mesa pueden alterar sus sistemas digestivos sensibles, mientras que los huesos cocidos pueden astillarse y lesionar sus intestinos o estómagos. Debido a que los perros malteses tienen un apetito delicado, algunos propietarios prefieren cocinar en casa comidas, con el objetivo de un equilibrio de carne, verduras y almidón. Preferiblemente, del 25 al 35 por ciento de las calorías diarias de una maltesa deben provenir de vegetales al vapor o crudos. El 25 a 35 por ciento restante puede estar compuesto de arroz blanco o marrón, o pasta.
Al comprar comida para perros, se sugieren marcas que anuncian cantidades moderadas de grasa animal y grandes cantidades de proteínas. Los alimentos húmedos deben tener un alto contenido de humedad. La mayoría de los alimentos secos contienen granos como rellenos, lo cual no se recomienda, ya que los carnívoros como los perros no necesitan granos. Las marcas que no utilizan subproductos animales son ideales. Los perros no deben ser alimentados con nada que contenga soja; se ha demostrado que afecta negativamente a sus sistemas endocrinos.
