Debido a sus conchas duras y pieles gruesas, las tortugas del desierto adultas solo son cazadas por leones de montaña. Las tortugas jóvenes del desierto son mucho más vulnerables, y también se las comen los zorros, coyotes, perros salvajes, grises, gatos monteses, tejones, cuervos, correcaminos y monstruos de Gila.
Las tortugas del desierto hembra guardan sus huevos vulnerables por un tiempo, pero una vez que eclosionan, las tortugas jóvenes deben confiar en su coloración críptica para sobrevivir. Las tortugas del desierto se refugian en madrigueras cuando no están buscando comida o compañeros, y son expertos en excavación. Como último recurso, las tortugas del desierto de todas las edades orinan para hacerse menos sabrosas para los posibles depredadores.