Los insectos como pulgones, mosquitos y la marca China aman a comer lirios. La marca China es una plaga importante del lirio acuático. Otros consumidores de nenúfar son las tortugas, algunas especies de koi y los caracoles de estanque y manzana.
Aparte de los animales e insectos, los lirios de agua también son susceptibles a la pudrición de la corona, una enfermedad muy contagiosa. En comparación con las plantas terrestres como las rosas y los vegetales, las hojas de lirio son mucho más resistentes y fáciles de cultivar. La mayoría de los problemas a los que se enfrentan los lirios son superficiales, hacen poco daño permanente y se pueden controlar o evitar fácilmente. Los agentes biológicos amigables con el medio ambiente, como la tierra de diatomeas, funcionan muy bien para prevenir la mayoría de estos problemas.
