Los federalistas se opusieron a la Guerra de 1812 porque las políticas del partido opositor que declaró la guerra, encabezadas por Thomas Jefferson y luego encabezadas por James Madison, llevaron al bastión federalista de Nueva Inglaterra al borde de la indigencia. El embargo de Thomas Jefferson a la navegación estadounidense, en lugar de proteger a los buques y marineros de los Estados Unidos, causó un desempleo masivo, el cierre de bancos y creó una virtual paralización en el comercio.
Los republicanos demócratas de James Madison declararon la guerra a Inglaterra no solo para aliviar el problema del transporte marítimo, sino también para dar a los estados y territorios occidentales la oportunidad de apoderarse de tierras de Canadá. Incluso después de que la declaración de guerra fue aprobada por el Congreso por un estrecho margen, los estados federalistas continuaron oponiéndose, negándose a permitir que las milicias estatales participen en el esfuerzo de guerra. Acusaron a Madison de corrupción y de querer formar una alianza con Napoleón Bonaparte. Los republicanos demócratas, por otro lado, acusaron a los federalistas de querer dividir a la nación y realinearse con Inglaterra. Algunos gobernadores de Nueva Inglaterra condenaron abiertamente el esfuerzo de guerra.
En diciembre de 1814, los delegados de varios estados de Nueva Inglaterra se reunieron en la Convención de Hartford para discutir soluciones al dilema divisorio. Sin embargo, cuando los representantes de la convención llegaron a Washington DC con una lista de las enmiendas constitucionales propuestas, se había firmado un tratado de paz con Gran Bretaña y la guerra había terminado. Después de esto, el Partido Federalista declinó y eventualmente desapareció.
