Los ecólogos hacen modelos de hábitats y ecosistemas para estudiar preguntas que serían imposibles, poco prácticas o poco éticas de responder mediante la prueba de los ecosistemas reales. En cambio, los ecólogos elaboran programas matemáticos complicados que deberían reaccionar de manera similar a los reales Los ecosistemas frente a estímulos similares. Según un artículo en BioScience, los modelos a menudo producen resultados sorprendentes e inesperados.
Por ejemplo, un ecólogo puede crear un modelo que intente determinar cómo fluye la energía a través de un pequeño ecosistema de estanque. En consecuencia, el científico tendría que diseñar el modelo para tener en cuenta las diferentes formas en que la energía ingresa al ecosistema, como el sol, las criaturas que viajan al agua y la materia vegetal que se hunde en el estanque. Además, el ecologista tendría que asegurarse de que el modelo explique todas las formas en que la energía abandona el ecosistema, como cuando los animales abandonan el estanque.
Los modelos no son recreaciones perfectas del mundo natural, y algunas veces producen resultados que luego se demuestra que son falsos. Esto hace que muchos ecologistas modifiquen sus modelos periódicamente en busca de un modelo que refleje con precisión el mundo real. Debido a que los modelos se utilizan de forma tan extensa en ecología, los Servicios de Carreras Nacionales en el Reino Unido recomiendan que los posibles ecólogos tengan un conocimiento práctico de las computadoras.