Aunque a partir de 2014 las ballenas jorobadas ya no están clasificadas como En Peligro por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza, las principales amenazas para sus poblaciones incluyen el enredo de artes de pesca, colisiones por barcos, impactos en sus hábitats por la contaminación y el hostigamiento por parte de los observadores de ballenas. Las amenazas futuras incluyen la propuesta de reanudación de la caza comercial de ballenas y el desarrollo en alta mar de instalaciones de extracción de petróleo y gas.
La caza comercial extensiva de ballenas jorobadas, que comenzó en el siglo XVIII y continuó en el siglo XX, agotó las poblaciones de ballenas jorobadas en todo el mundo, especialmente después de la introducción del arpón explosivo a fines del siglo XIX. Solo en el siglo XX, los balleneros mataron a más de 200,000 jorobadas, hasta que la población se redujo a aproximadamente 700 ballenas. La Comisión Ballenera Internacional fue fundada en 1946 para proteger a las poblaciones de ballenas en todo el mundo, y en 1966 prohibió la caza de ballenas jorobadas. En 1986, las ballenas jorobadas fueron declaradas en peligro de extinción por la UICN. En 1990, su estado fue cambiado a Vulnerable. Debido a su capacidad de recuperación para reestablecerse con una población mundial de al menos 80,000, la UICN reclasificó a las ballenas jorobadas en la categoría de Preocupación menor en 2008.
A partir de 2014, la caza comercial de ballenas jorobadas aún está prohibida, excepto por pequeños grupos nativos en áreas como Groenlandia, San Vicente y las Granadinas. Las muertes de ballenas jorobadas por enredo en los artes de pesca son reportadas anualmente por los pescadores estadounidenses y japoneses. Los ataques con barcos, aunque menos frecuentes, ocurren. Los conservacionistas están preocupados por el desarrollo de petróleo y gas en alta mar que afecta a las poblaciones de ballenas en lugares como Brasil, Angola, Mozambique, Madagascar y Gabón.
