Es importante evitar la excavación en agar con el bucle debido al alto riesgo de contaminación cruzada entre diferentes especímenes. La contaminación hace que una placa de Petri o placa de rayas no sea utilizable. La Sociedad Americana de Microbiología afirma que la esterilización inadecuada de los bucles también aumenta el riesgo de contaminación.
De acuerdo con la Universidad de Boston, el protocolo moderno de placa de rayas requiere tres o cuatro muestras por placa de Petri. Cada segmento requiere un nuevo hisopo o bucle esterilizado. Las herramientas más populares utilizadas para inocular agar son hisopos de algodón y bucles de metal. Los hisopos de algodón son instrumentos de un solo uso porque no resisten la esterilización por llama. Los bucles metálicos reutilizables requieren esterilización después de cada uso.
Algunos científicos prefieren usar bucles de plástico. Estos se asemejan a bucles metálicos, pero deben desecharse después de cada inoculación. Las agujas de metal son otra opción. Al igual que los bucles metálicos, las agujas requieren esterilización.
La Sociedad Americana de Microbiología recomienda esterilizar los bucles y agujas de metal pasándolos a través de la llama de un mechero Bunsen que se encuentra en su posición más baja. Para esterilizar un instrumento, insértelo en la parte azul claro de la llama y manténgalo allí hasta que se ilumine en naranja o rojo. La inserción gradual del bucle o la aguja en la llama evita la formación de chispas de líquidos potencialmente peligrosos.
Otra forma efectiva de esterilizar bucles y agujas metálicas es colocarlos en una máquina de incineración diseñada para ese propósito. Este método de esterilización lleva menos de 10 segundos. Sin embargo, el incinerador tarda varios minutos en alcanzar la temperatura de funcionamiento.
