Hay muchas teorías relacionadas con la razón por la que desaparecieron los Anasazi, pero no hay pruebas sólidas que den una razón específica. Anteriormente se sospechaba que la sequía a fines del 1200 lo expulsó de sus hogares de larga data. , pero más descubrimientos han demostrado que esto no habría sido suficiente por sí solo para expulsarlos.
La idea de que estas personas desaparecieron totalmente también es un nombre inapropiado. Los indios Pueblo de hoy en día son descendientes directos de esta raza de personas, por lo que nunca desaparecieron realmente. La evidencia muestra que los Anasazi pueden haber optado por irse debido a que han permanecido en el área demasiado tiempo y que la tierra se ha utilizado hasta sus límites.