Como todos los insectos, las moscas tienen cerebro. Sus cerebros consisten en el protocerebro, deutocerebrum y tritocerebrum. El protocerebro de la mosca controla sus ojos compuestos y sus ocelos, que son un trío de ojos simples que se encuentran entre los ojos compuestos. Ocelli ayuda a la mosca a navegar.
El deutocerebro controla las antenas del animal, y el tritocerebro controla parte de la boca de la mosca. El tritocerebro también permite que el cerebro se comunique con el resto del sistema nervioso central de la mosca.
Otros haces de nervios, debajo del cerebro de la mosca, controlan las otras partes bucales, alas y músculos del vuelo del animal, así como los órganos digestivos, reproductivos y sensoriales.
