Aunque el silicio elemental es inerte y no es intrínsecamente peligroso, ciertas formas procesadas del elemento pueden causar efectos negativos para la salud. El silicio cristalino irrita los ojos y causa inflamación de la piel al contacto, mientras que la inhalación de la sustancia agrava las membranas mucosas del sistema respiratorio.
Los estudios sugieren que la exposición ocupacional regular al silicio cristalino y la sílice produce cáncer de pulmón, bronquitis, trastorno obstructivo pulmonar crónico y enfisema. Además, la exposición a la sílice está relacionada con trastornos autoinmunes y renales, así como un aumento de las infecciones por micobacterias. Muchos roles ocupacionales están en riesgo de exposición regular al silicio, incluidos los mineros, los trabajadores de la cerámica, los fabricantes de ladrillos y otros que trabajan en industrias basadas en minerales.