El cerebro humano tiene varias partes, y cada una tiene una coloración distinta. La superficie de la corteza se denomina a menudo materia gris para distinguirla de los nervios envueltos en mielina que se encuentran debajo, que son Un blanco mucho más brillante.
Los ganglios basales de las neuronas contienen un pigmento especial, llamado neuromelanina, que las tiñe de negro. Estas áreas se llaman sustancia negra, o "materia negra", en latín. El cerebro también está muy vascularizado con redes elaboradas de vasos sanguíneos que alimentan cada parte de él. La sangre en estos vasos imparte un tono rojizo o rosado a la mayoría de los tejidos del cerebro vivo.