El hidrógeno no tiene neutrones, solo un protón y un solo electrón. La mayor parte de la masa de un átomo se encuentra en sus protones y neutrones; el hidrógeno tiene una masa de 1 debido a la masa de su protón individual.
El hidrógeno tiene tres isótopos comunes: protio, deuterio y tritio. Los isótopos tienen el mismo número atómico, lo que significa que son el mismo elemento porque tienen el mismo número de protones y electrones; sin embargo, sus masas difieren porque tienen un número variable de neutrones. Protium no tiene neutrones, el deuterio tiene un neutrón y el tritio tiene dos neutrones. El más común de los isótopos es el protio, que constituye el 99.9 por ciento del hidrógeno en la naturaleza. El agua pesada, que es más densa y pesada que el agua normal, consiste en hidrógeno en forma de deuterio. El tritio es radiactivo y se forma en la atmósfera.
