Los factores abióticos son las partes no vivas de un ecosistema. Los factores abióticos de la Antártida son sus bajas temperaturas, poca cantidad de precipitación y la capa de hielo polar. Los factores abióticos trabajan con los factores bióticos o vivos para dar forma al ecosistema.
La Antártida es un desierto polar. Recibe menos de 50 milímetros de precipitación por año, y la humedad relativa cae hasta un 0.03 por ciento. La Antártida mantiene su cobertura de hielo en estas condiciones debido a que muy poca nieve y hielo se derrite o sublima. En su lugar, continúa acumulándose con el tiempo, formando la gruesa capa de hielo.
Además de sus hábitats oceánicos y de capas de hielo, la Antártida tiene un próspero ecosistema de lagos submarinos. Estos lagos están protegidos del frío por la capa de hielo y no han estado expuestos a la luz solar ni al aire libre durante al menos 120,000 años. Algunas estimaciones científicas sitúan su formación desde hace un millón de años. Estos lagos forman el mayor ecosistema inexplorado del mundo, cubriendo el 9 por ciento de la masa terrestre de la Tierra.
Se confirma que las arqueas y las bacterias viven en estos lagos, y se cree que las condiciones apoyan a los protistas. Existe la posibilidad de que pequeños gusanos y artrópodos puedan sobrevivir en este ecosistema, pero el suministro de alimentos disponible en los lagos no sustentaría organismos más grandes.