Los ecosistemas de agua dulce incluyen estanques, lagos, arroyos, ríos y humedales. Agua dulce significa que el cuerpo de agua tiene una concentración de sal de menos del 1 por ciento. La vida vegetal y animal de los ecosistemas de agua dulce no sobrevive en el agua salada.
Los estanques y lagos varían desde unas pocas yardas cuadradas hasta miles de millas cuadradas. Ocurren en todo el mundo pero tienen una alta concentración en las áreas del hemisferio norte que fueron afectadas por los glaciares de la Edad de Hielo. El sol calienta la capa cerca de la orilla de un lago, la zona litoral. Las especies allí incluyen algas y otras plantas, caracoles, larvas de insectos, crustáceos y peces. Las aves acuáticas, serpientes y tortugas en la zona litoral se alimentan de ellas. La capa superior lejos de las orillas, la zona limnética, es el hogar del plancton y los peces. La zona profunda, la parte más profunda, es más fría y alberga heterótrofos, criaturas que comen organismos muertos.
Los ríos y arroyos tienen fuentes en los manantiales y lagos o en la nieve. En la desembocadura, el río desemboca en otro cuerpo de agua, a veces en otro río o en un mar u océano. El agua es más limpia en las cabeceras, tiene más oxígeno y tiene más organismos de agua dulce, como truchas y heterótrofos. En la boca donde el agua suele estar turbia debido a los sedimentos, puede haber menos oxígeno, y hay formas de vida menos diversas y diferentes tipos de organismos, como la carpa y el bagre. Los organismos también difieren de los bancos más cercanos a la mitad del río.
Los humedales son cuerpos de agua estancados que incluyen pantanos, ciénagas y pantanos. Las especies de plantas aquí se conocen como hidrófitos, que se adaptan a la humedad y humedad. Aves, reptiles, anfibios y animales peludos viven en humedales. Algunos humedales son marismas saladas y no se consideran ecosistemas de agua dulce.