Las desventajas de usar un sistema de información geográfica, o GIS, es que su naturaleza técnica puede presentar los resultados como más confiables de lo que realmente son, y los errores y supuestos pueden ocultarse, lo que conduce a una falta de cuestionamiento en resultados. Otra desventaja de analizar los resultados de un SIG es que los resultados solo serán tan precisos como los datos de los que provienen. Debido a esto, es posible que los datos no puedan servir a diferentes contextos, especialmente si los datos no son aplicables.
Por ejemplo, si los datos de entrada en un SIG se ingresan a nivel del condado, los resultados en el SIG solo se podrán utilizar para el nivel del condado, no para cualquier otro nivel, como el distrito o los niveles de barrio. La disponibilidad de datos, en sí misma, también es un problema importante. Si los datos no están disponibles, entonces el sistema GIS es inútil.
Además, los sistemas GIS no son como otros programas. No vienen "de la estantería", lo que significa que deben ensamblarse y construirse según el diseño del usuario. Esto podría ser un proceso largo, complejo y costoso. Debido a esto, muchos sistemas GIS no llegan a buen término o fallan totalmente en su implementación porque su creación fue apresurada o inadecuadamente planificada.
Los sistemas de SIG a menudo son tan complejos, de hecho, que se vuelve difícil describir los beneficios intangibles que pueden proporcionar, lo que dificulta encontrar financiamiento para su creación. Además, la tecnología detrás de la tecnología GIS se expande rápidamente, lo que hace que los sistemas GIS tengan una alta tasa de obsolescencia. También es muy difícil hacer programas GIS que sean rápidos y fáciles de usar. Los sistemas SIG generalmente requieren un lenguaje de comando complejo. Los campos de datos y su accesibilidad tampoco son muy conocidos, y los datos pueden volverse incompletos, obsoletos o erróneos, lo que hace que el SIG sea engañoso.
