Después de conocer a Jill Rhodes en 1992, Sean Hannity se casó con ella en 1993, a pesar de la oposición de su pastor y sus colegas. La pareja tiene dos hijos juntos, a partir de 2015.
En 1992, Hannity trabajó en Huntsville, Alabama, donde tuvo su propio programa de radio por la tarde. Estableció un debate de la alcaldía en la ciudad, donde conoció a Rhodes, un escritor de The Huntsville Times. Los dos salieron durante tres meses, y cuando Hannity aceptó una oferta para un programa de radio en Atlanta, Georgia, le pidió que se mudara con él. Ella estuvo de acuerdo, bajo la condición de que se casaran.
Hannity tuvo una discusión política con el pastor de la pareja durante la asesoría previa al matrimonio cuando Hannity le dijo al pastor que la iglesia se había vuelto demasiado liberal y que el pastor le dijo a Rhodes que estaba loca por casarse con Hannity. Sus compañeros de trabajo en el periódico también recomendaron que no se casara con él, debido a su trabajo como locutor de radio. A pesar de esto, la pareja se casó el 9 de enero de 1993. Hannity ha declarado que el pastor también se casó con muchos de los amigos de la pareja, pero Hannity y Rhodes son la única pareja que todavía está casada.
La pareja tiene un niño y una niña. Su hijo, Patrick, nació en 2005. Su hija, Merri Kelly, nació en 2008.
