Algunas de las principales formas de relieve encontradas en Honduras incluyen la gran meseta interior de colinas y montañas, las tierras bajas del Pacífico y las tierras bajas del Caribe. El clima varía de templado en las montañas al trópico en las tierras bajas. Un extenso sistema de ríos atraviesa las montañas de la Sierra Madre y las colinas interiores, y en esta región se encuentran amplios valles fértiles.
Las tierras bajas del Caribe están rodeadas de playas de arena y se extienden a lo largo de la costa norte. Esta región contiene la costa de los mosquitos, un área deshabitada de selva, lagunas y manglares. Las tierras bajas del Pacífico son considerablemente más pequeñas y rodean el Golfo de Fonesca, en el que se encuentran algunas islas de volcanes inactivos. Esta zona de tierras bajas se vuelve pantanosa cerca de la costa. En general, Honduras es un país rico en agua, con la energía hidroeléctrica considerada uno de sus recursos naturales. Solo hay un lago significativo llamado Lago Yojoa, pero hay muchos ríos importantes.
La región montañosa del interior es el hogar de la mayoría de la población de Honduras y representa el 80 por ciento de su área total. Aquí se encuentran numerosos valles de piso plano con aldeas, pueblos y la capital del país, Tegucigalpa, ubicada en los más grandes. La tierra en esta región es en su mayoría difícil de cruzar y no es muy adecuada para el cultivo debido al terreno accidentado. La calidad del suelo también es pobre. Una depresión conveniente y prominente recorre el país a través de la región de las tierras altas y proporciona una ruta de transporte relativamente fácil entre las costas norte y sur.
