La Epopeya de Gilgamesh tiene varios temas morales, pero el tema principal es que el amor es una fuerza motivadora. Otros temas morales en esta épica son la inevitabilidad de la muerte y el peligro de tratar con los dioses. .
El amor dentro de la amistad de Enkidu y Gilgamesh los inspira a ser mejores hombres de diferentes maneras. Gilgamesh fue capaz de sacar a Enkidu de sus maneras egocéntricas e inspirar a Enkidu a la nobleza. A su vez, Enkidu controla la inquietud de Gilgamesh y motiva a Gilgamesh a detener su bullying y tiranía, lo que le permite convertirse en un mejor héroe y rey. Su conexión le permite a Gilgamesh ponerse en contacto con las necesidades de su gente.
La falta de un interés femenino romántico en esta epopeya no significa que el amor erótico no juegue ningún papel. La educación de Enkidu comienza con su iniciación sexual por una ramera del templo. Esto es lo que da inicio a los problemas de los dos héroes, ya que coincide con su desaprobación de Ishtar, la diosa del amor. Solo cuando Gilgamesh entiende que su lugar está en la tierra, Ishtar regresa a su lugar de honor.
Otra gran lección que aprende Gilgamesh es la verdad ineludible de la muerte humana. Se resiente de la inmortalidad de los dioses, y cuando Enkidu muere una muerte dolorosa, Gilgamesh se aterroriza aún más ante la idea de su propia muerte. Su segunda búsqueda en Utnapishtim, un intento de escapar de la muerte, le enseña que a pesar de que los humanos mueren, la humanidad aún vive.
Tanto Gilgamesh como Enkidu aprenden que es peligroso lidiar con los dioses, ya que pueden comportarse emocional e irracionalmente. A través del gran diluvio, aprenden que los seres humanos no pueden entender las acciones de los dioses. En Mesopotamia, la piedad y el respeto por los dioses no son obligaciones sino un reconocimiento práctico del poder de la naturaleza y un recordatorio del papel de la humanidad en el esquema mayor de las cosas.
