La principal diferencia entre un sistema de administración de base de datos, o DBMS, y un sistema de administración de base de datos relacional, RDBMS, es que las aplicaciones DBMS almacenan datos como archivos, mientras que las aplicaciones RDBMS almacenan datos en tablas. DBMS es propenso a la redundancia de datos. En un RDBMS, cada tabla tiene un identificador único conocido como "clave principal"; esto reduce las instancias de redundancia de datos.
Los datos se pueden almacenar en un DBMS en forma jerárquica o de navegación. Cada unidad de datos individual suele tener un nodo principal y uno o más nodos secundarios. El acceso a los datos es más lento para grandes y complejas cantidades de datos. Tanto los datos como la relación entre los valores de los datos en un RDBMS se almacenan en forma tabular. Esto hace que sea más fácil y rápido acceder a los datos almacenados en una base de datos relacional. Los datos almacenados en el sistema también son lógicamente y físicamente independientes.
Las bases de datos relacionales son compatibles con la integridad de los datos, las capacidades de consulta avanzada, la seguridad en las bases de datos y la independencia estructural, mientras que DBMS no lo hace. El sistema de gestión de bases de datos relacionales es una versión mejorada del DBMS.
La mayoría de las aplicaciones de bases de datos son compatibles con RDBMS y DBMS. Esto significa que pueden mantener bases de datos en forma tabular o relacional, y en forma de archivo. El modelo RDBMS es más ideal para almacenar grandes cantidades de datos.