Los dinoflagelados se mueven en un movimiento en espiral hacia adelante impulsado por el batido coordinado de dos flagelos diferentes que se proyectan desde el cuerpo del organismo. Un flagelo sobresale directamente desde el extremo posterior y los otros círculos alrededor del medio la celda.
El flagelo que se enrolla alrededor de la mitad de un dinoflagelado se llama flagelo transversal, y se asienta en un surco a lo largo de la superficie del protista llamado cíngulo. El flagelo transversal tiene un aspecto aplanado, y solo los bordes exteriores baten. El movimiento ondulatorio se desplaza desde la base del flagelo hasta la punta. El movimiento del flagelo transversal impulsa el dinoflagelo hacia adelante y también facilita el giro.
El flagelo posterior, o flagelo longitudinal, comienza en la membrana celular, se extiende por un surco hacia la parte posterior del organismo y se extiende por detrás del cuerpo del dinoflagelado. Este flagelo late lenta y regularmente para empujar el organismo hacia adelante.
El movimiento de batido de los flagelos en un dinoflagelado es posible gracias a la estructura de los microtúbulos dentro de cada flagelo. Los microtúbulos están dispuestos en un tubo de nueve pares con dos singletes situados en el centro del tubo. El movimiento se inicia cuando los dobletes de microtúbulos externos se deslizan entre sí, y este movimiento es impulsado por ATP.
