Según la National Science Foundation, todos los hongos son heterótrofos, lo que significa que absorben nutrientes o energía de otros organismos. Algunos hongos son saprófitos y se alimentan de materia muerta o en descomposición. Otros hongos, por otro lado, son simbiontes, lo que significa que absorben los nutrientes de los organismos vivos sin dañarlos o matarlos.
Los hongos absorben nutrientes al crecer a través del sustrato, el material orgánico en el que viven. Lo hacen extendiendo las hifas, las estructuras tubulares que encierran el citoplasma, en el material orgánico. Numerosas hifas trabajan lentamente a través del material orgánico y secretan enzimas digestivas. Este proceso ayuda a descomponer el sustrato, lo que facilita que los hongos absorban los nutrientes del sustrato. Las hifas se extienden sobre una gran área del sustrato para maximizar el contacto con el sustrato. La creación de contacto íntimo con el sustrato hace que el proceso de absorción de nutrientes sea más eficiente. Los nutrientes se difunden, o transfieren, a las hifas mucho más fácilmente. Este proceso de extenderse en sustratos hace que los hongos sean más susceptibles a la sequedad y los desequilibrios iónicos. Sin embargo, debido a que los hongos generalmente crecen en sustratos húmedos, esto no suele ser un problema.
Los hongos son comúnmente conocidos por descomponer, o alimentarse de, materia muerta y en descomposición, como hojas caídas y madera podrida. Una relación simbiótica común es la micorriza, que es una relación beneficiosa entre las raíces de una planta y los hongos.
