En 2000, Anna Stanley se divorció de su esposo, Charles Stanley, quien era pastor principal de la Primera Iglesia Bautista en el norte de Atlanta, Georgia, y fundador de los Ministerios In Touch. Estuvieron casados durante 44 años. .
En su petición de divorcio, Anna citó su matrimonio como "irremediablemente roto". La noticia de su matrimonio con problemas se hizo pública por primera vez en la década de 1990 y fue controvertida porque la Primera Iglesia Bautista tenía una regla no escrita que prohibía a los hombres divorciados convertirse en ministros o diáconos. Cuando la pareja se separó, Charles prometió renunciar como pastor si él se divorciara. Sin embargo, después de que el divorcio se hizo definitivo, la Primera Iglesia Bautista permitió a Charles Stanley continuar sirviendo como su pastor principal.
La pareja comparte dos hijos juntos. Su hijo, Andy Stanley, es pastor principal de North Point Community Church y fundador de North Point Ministries.
