El Museo de Zoología de la Universidad de Michigan indica que los principales enemigos, o depredadores, de los pingüinos emperadores son los petreles gigantes, las skúas antárticas, las focas leopardo y las ballenas asesinas. Los petreles y las skúas, ambas aves de clima frío. se alimentan de pollos dentro de las colonias de pingüinos. Las estimaciones sugieren que del 7 al 34 por ciento de los polluelos se convierten en presas.
Las focas leopardo cazan a los pingüinos jóvenes cuando van al mar, pero los emperadores adultos también son objetivos. Las ballenas asesinas tienden a perseguir aves completamente crecidas. Los pingüinos emperadores vigilan a los depredadores y advierten a otros en sus colonias cuando se acerca el peligro. Además, National Geographic afirma que cuando los pingüinos emperador se encuentran en el agua, son capaces de repentinas y cortas explosiones de velocidad que les ayudan a eludir las focas.
