Los aspectos negativos de la energía de biomasa son similares a los asociados con el uso de combustibles fósiles para generar electricidad, con la excepción de que los combustibles de biomasa son fuentes de energía renovables. La quema de combustibles de biomasa causa preocupación por las emisiones y uso del agua. Los combustibles de biomasa son menos eficientes y requieren más tierra.
La energía de biomasa utiliza combustible de fuentes vegetales y animales. Estas fuentes incluyen residuos como astillas de madera, aguas residuales, estiércol y árboles podridos, pero también incluyen cultivos cultivados específicamente para la conversión de biomasa. Mientras que las personas han usado la madera durante siglos como fuente de calor, la energía de la biomasa usa esta fuente de combustible para impulsar motores o plantas de generación eléctrica. Sin embargo, crear la fuente de combustible suele ser costoso, incluso cuando consume productos de desecho.
Si bien la energía de biomasa ayuda a reducir las emisiones de dióxido de carbono, aumenta otros gases de efecto invernadero, incluido el metano. Desde un punto de vista ambiental, las emisiones de una planta de biomasa son tan dañinas como las de los combustibles fósiles. El uso de desechos de animales y humanos también crea olores indeseables.
Debido a que la energía de biomasa produce gas metano, requiere más tierra que otros tipos de producción de energía para proteger a quienes viven cerca de la planta. Si la demanda de biomasa adicional supera los productos de desecho disponibles, existe la posibilidad de que los agricultores conviertan de cultivos alimentarios a cultivos de biomasa, lo que reduce la disponibilidad de alimentos. La demanda también tiene el potencial de imponer más demandas en bosques ya estresados.